用make_viewpoints.py生成virtual-4C/capture-view profiles

python make_viewpoints.py \
  -i sample_allValidPairs \
  -f HindIII_resfrag_hg19.bed \
  -t my_baits.bed \
  -e 1000 \
  -o sample \
  -v

常见问题

（1）确保BED有4列（chrom,start,end,name）。脚本不会接受少列的BED（会报 Warning: wrong input format 并退出）。

（2）exclusion的使用场景：若capture周围有强烈的近端偏好（例如self-ligation、restriction bias），推荐设-e 1000 或类似值把capture ±1 kb 排除再统计CAP-REP。脚本对exclusion做了独立计数（exclu_counter）。

（3）cis限制（-c）：若只关心在target染色体上（只对与targets在同染色体的fragments做fragment tree），用-c可加速并避免跨染色体fragment计入（源码在load_BED(fragmentFile, chroms=target.keys())时使用），对于capture-centric分析有意义。

（4）输出转换：bedGraph通常转换为bigWig供浏览器使用：bedGraphToBigWig sample.bedgraph chrom.sizes sample.bw。如果要比较不同样品，建议先对counts做library size或有效对数（validPairs）归一化再转bigWig（脚本本身没有做归一化）。

（5）多重overlap警告：get_overlapping_fragment()在非exclusion检查时allow_multiple=False，若fragment文件定义不当（fragment间存在重叠），会出现“多个fragments found for read”的Warning并跳过这些配对。保证restriction fragment文件互不重叠是重要前提。

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